Внаслідок підвищення вимог щодо чутливості та селективності визначення токсичних сполук, застосування в аналітичній практиці мас-спектрометричного обладнання, в тому числі тандемних варіантів мас-спектрометрів, корпорація Шимадзу приділяє особливу увагу розробці приладів вказаного типу. На сьогодні хромато-мас-спектрометри Шимадзу займають лідерські позиції на світовому ринку.
Крім того, на основі унікальних розробок співробітника Шимадзу К. Танаки – лауреата Нобелівської премії по хімії 2002 року – в області систем м’якої іонізації макромолекул, були створені мас-спектрометри MALDI-TOF, які здатні вирішувати складні задачі виявлення фальсифікації продуктів харчування та швидкої ідентифікації мікроорганізмів.
